Predsjedavanje OEBS-om (Chairman in Ofiice) se zasniva na sistemu rotacije na godišnjoj osnovi. Tokom 2012. godine, Organizacijom predsjedava Irska, a funkciju predsjedavajućeg obavlja njen ministar vanjskih poslova Emon Gilmor.Predsjedavajući OEBS-a je zadužen za koordinaciju svih aktivnosti Organizacije. On predstavlja OEBS i nadzire njegove aktivnosti u prevenciji konflikata, upravljanju krizama i post-konfliktnoj rehabilitaciji.

Kako se predsjedavanje OEBS-om rotira na godišnjoj osnovi, predsjedavajućem, u formatu Trojke (Troika), pomažu prethodni i naredni predsjedavajući u cilju održavanja kontinuiteta aktivnosti Organizacije. Trenutnu Trojku čine aktuelni predsjedavajući - mip Irske, bivši – mip Litvanije i budući - mip Ukrajine.

Pored Trojke, jedna od operativnih strukutra OEBS-a je i Sekretarijat (Secretariat) koji pod vođstvom Generalnog sekretara (Secretary General) obezbjeđuje operativnu podršku organizaciji. Sjedište sekretarijata je u Beču, a dodatno je ojačan uz podršku kancelarije koja se nalazi u Pragu. Generalnog sekretara OEBS-a bira Savjet ministara na period od tri godine. Od 1. jula 2011. godinu funkciju generalnog sekretara obavlja Italijan Lamberto Zanijer. Sekretarijat OEBS-a sastoji se od sljedećih sektora: Kancelarije Generalnog sekretara, Sektora za menadžment i finansije, Sektora za ljudske resurse, Kancelarije u Pragu, Sektora za obuku, Jedinice za borbu protiv terorizma, Centra za prevenciju konflikata, Kancelarije koordinatora aktivnosti OEBS-a za ekološku i ekonomsku dimenziju, Međunarodne saradnje i Jedinice za strateška politička pitanja.

Parlamentarna skupština OEBS-a (OSCE Parliamentary Assembly) je institucija, koja broji 320 članova, čiji je primarni cilj olakšavanje međuparlamentarnog dijaloga, kao važnog aspekta sveukupnih napora da se uspješno odgovori na izazove demokratije u regionu OEBS-a. PS je autonomni organ OEBS-a koji se ne pridržava konsenzualnog pravila, a koji donosi odluke većinom glasova. Na svakom godišnjem zasijedanju, Parlamentarna skupština bira svog predsjednika, a aktuelni predsjednik PS je Petros Eftimou(Grčka).

S obzirom da su glavni zadaci Skupštine promocija parlamentarnog učešća u aktivnostima OEBS-a i olakšavanje međuparlamentarnog dijaloga i saradnje, kako bi ostvarila ove ciljeve, Parlamentarna skupština OEBS-a koristi razna sredstva - 1. deklaracije, rezolucije i preporuke, koje se usvajaju svake godine na Godišnjem zasijedanju; 2. odbore koji razmatraju važna međunarodna pitanja; 3. različite programe, uključujući i sveobuhvatan Program nadgledanja izbora, razne seminare koji se organizuju u cilju razvoja i jačanja demokratije; 4. slanje delegacija u specijalne misije u oblastima potencijalne krize ili krizne situacije.

Crna Gora ima pravo na tri poslanika u Parlamentarnoj skupštini OEBS-a. Šef delegacije Skupštine Crne Gore pri PS OEBS-a je predsjednik Parlamenta Ranko Krivokapić.

Grupa za planiranje na visokom nivou (High-Level Planning Group) je organ ustanovljen u skladu sa odlukama Samita šefova država i vlada u Budimpešti, 1994. godine, a njeni zadaci su da kreira preporuke u vezi sa planom za stvaranje i funkcionisanje multinacionalnih mirovnih snaga OEBS-a, njenim obimom i karakteristikama, logistikom, komandom i kontrolom, aranžmanima sa drugim zemljama itd.

Kako bi pomogla državama učesnicama u sprovođenju OEBS-ovih obaveza i načela, Organizacija je uspostavila tri funkcionalne institucije koje se bave specifičnom problematikom i uživaju visok stepen autonomije u radu, a to su: Kancelarija za demokratske institucije i ljudska prava (ODIHR), Visoki predstavnik za nacionalne manjine i Predstavnik za slobodu medija.

ODIHR (Office for Democratic Institutions and Human Rights) kao glavna institucija za implementaciju ljudske dimenzije osnovana je 1990. pod nazivom Kancelarija za slobodne izbore, a kasnije se razvila u Kancelariju za demokratske institucije i ljudska prava. Prema Helsinškom dokumentu iz 1992. godine, ODIHR ima mandat da pruži pomoć državama učesnicama OEBS-a u ‘obezbijeđivanju punog poštovanja ljudskih prava i osnovnih sloboda, poštovanju vladavine prava, unaprijeđivanju principa demokratije i izgradnje, jačanju i zaštiti demokratskih institucija, kao i u promovisanju tolerancije u društvu'. Sjedište ove institucije je u Varšavi, a njen direktor je od jula 2008. ambasador Slovenije Janez Lenarčić.

Od ostalih operativnih strukura OEBS-a, 1992. godine ustanovljena je Kancelarija Visokog komesara za nacionalne manjine (High Commissioner on National Minorities) u cilju identifikacije i iznalaženja rješenja za etničke tenzije koje mogu ugroziti mir, stabilnost i prijateljske odnose između zemalja učesnica OEBS-a. Ambasador Knut Volebek (Norveška) je postavljen na mjesto Visokog komesara za nacionalne manjine OEBS-a, 4. jula 2007. godine na period od tri godine. Mandat mu je 20. avgusta 2010.godine produžen na još tri godine.

Decembra 1997. ustanovljena je pozicija Predstavnika OEBS-a za slobodu medija (OSCE Representative on Freedom of Media) sa sjedištem Kancelarije u Beču, koja prati događaje u medijima svih 56 država učesnica OEBS-a. Predstavnik reaguje na sve povrede slobode govora i promoviše usaglašavanje sa standardima OEBS-a kada su u pitanju slobode medija. Dunja Mijatović (BiH) je izabrana na funkciju predstavnika OEBS-a za slobodu medija 11. marta 2010. godine

Kancelarija Specijalnog predstavnika i koordinatora za borbu protiv trgovine ljudima podržava razvoj i implementaciju politika borbe protiv trgovine ljudima. Specijalni predstavnik i koordinator OEBS-a za borbu protiv trgovine ljudima je Marija Gracija Gijamarinaro (Italija).