-  Jadransko-jonski Savjet (Najvažnije tijelo JJI koje čine ministri inostranih poslova država članica, i sastaje se jednom godišnje. Odlučuje o svim temeljnim i specifičnim pitanjima, uključujući područja i oblike saradnje država članica Inicijative, saradnje s ostalim međunarodnim organizacijama i inicijativama, kao i o političkim pitanjima u regiji.)

-  Komitet visokih zvaničnika (Glavno izvršno tijelo Inicijative, koje čine predstavnici svih osam država članica. Sastaje se između sjednica Savjeta radi razmatranja i sprovođenja predloženih područja saradnje sa protekle sjednice Savjeta i pripreme za narednu. Odbor raspravlja o tekućim aktivnostima, prijedlozima Okruglih stolova i inicira pojedine aktivnosti.)

-  Okrugli stolovi - Četiri stola su podijeljena u odnosu na tematske cjeline koje obrađuju i kroz koje se odvija rad Inicijative:

• Okrugli sto o turizmu, kulturi i međuuniverzitetskoj saradnji,
• Okrugli sto o zaštiti životne sredine i protivpožarnoj zaštiti,
• Okrugli sto o malim i srednjim preduzećima, i
• Okrugli sto o saobraćaju i pomorskoj saradnji.

Sekretarijat JJI se nalazi u Ankoni, Italija (svečano je inaugurisan 20. juna 2008. godine).