Jadransko-jonska inicijativa osnovana je na Konferenciji o bezbjednosti i razvoju Jadranskog i Jonskog mora u Ankoni, Italija, 20. maja 2000. godine. Na konferenciji su učestvovali ministri inostranih poslova šest zemalja članica Inicijative (Grčka, Italija, Hrvatska, Slovenija, Albanija i Bosna i Hercegovina), i tom prilikom usvojena je Ankonska deklaracija, kao osnivački politički akt Inicijative, kojom se članice obavezuju na saradnju u brojnim područjima. U preambuli Deklaracije, ministri spoljnjih poslova Jadransko-jonskih država pozivaju se na Povelju Ujedinjenih nacija, Završni dokument iz Helsinkija, Parišku povelju, te na dokumente Organizacije za evropsku bezbjednost i saradnju i podržavaju već postojeće programe saradnje Evropske Unije za Jugoistočnu Evropu, uključujući inicijativu Pakta stabilnosti za JIE.

Cilj pokretanja JJI bilo je unaprijeđenje razvoja i jačanje bezbjednosti u jadransko-jonskoj oblasti, intenziviranje saradnje među zemljama regiona i pružanje podsticaja zemalja u tranziciji ka integracionim procesima i približavanju Evropskoj uniji. Jadransko-jonska inicijativa se ostvaruje kroz dva foruma: ona je forum za razmjenu političkih mišljenja, a istovremeno i forum za ostvarivanje multilateralne saradnje u više oblasti (saobraćaj, pomorstvo, turizam, obrazovanje, zaštita životne sredine i kulturnog nasleđa, razvoj malih i srednjih preduzeća i borbe protiv svih oblika organizovanog kriminala).

Danas, članice JJI su osam država jadransko-jonske regije: sedam sa izlazom na Jadransko i Jonsko more: Albanija, Bosna i Hercegovina, Crna Gora, Grčka, Hrvatska, Italija, Slovenija i, po principu sukcesije članstva, Srbija. Crna Gora je na ministarskoj konferenciji Jadransko-jonske inicijative, održanoj u Sarajevu, 31. maja – 1. juna 2007. godine primljena u punopravno članstvo.

Predsjedanje Inicijativom odvija se po abecednom redu prema imenima država na engleskom jeziku i traje godinu dana (engleski je prihvaćen kao službeni jezik Inicijative). Predsjedavajuća država predlaže program aktivnosti i kalendar događaja. Prvo predsjedanje JJI preuzela je Republika Hrvatska 24. novembra 2000. godine na sastanku Jadransko-jonskog savjeta u okviru Zagrebačkog Samita. Na tom sastanku usvojen je Pravilnik Jadransko-jonskog savjeta i donesena odluka o uključivanju SR Jugoslavije u JJI.