Osnov za formiranje Centralnoevropske inicijative (CEI) je predstavljao sporazum potpisan u Budimpešti, 11. novembra 1989. godine, između Austrije, Italije, Mađarske i SFR Jugoslavije, kojim se ustanovila platforma za političku, ekonomsku, naučnu i kulturnu saradnju, nazvana Kvadrilateralna saradnja. Pristupanjem Čehoslovačke u maju 1990. godine, mehanizam saradnje je preimenovan u Pentagonalnu, a 1991. godine, stupanjem Poljske u članstvo u Heksagonalnu inicijativu. Nakon raspada SFR Jugoslavije, i stupanja u članstvo 4 bivše republike SFRJ, 1992. godine, Cenralnoevropska inicijativa je dobila sadašnji naziv.

Do sredine '90. CEI je brojila 16 država članica (u članstvo su stupile Albanija, Bjelorusija, Bugarska, Moldavija, Rumunija, Češka, Slovačka, Ukrajina). U tom periodu došlo je do formiranja sadašnje organizacione strukture CEI, uspostavljanjem Povjerilačkog fonda CEI pri Evropskoj banci za rekonstrukciju i razvoj (EBRD) i Sekretarijata za projekte CEI u Londonu, kao i Izvršnog sekretarijata CEI u Trstu. SR Jugoslavija je stupila u članstvo CEI 2000. godine, a Fond za saradnju CEI je osnovan naredne godine. Crna Gora je, nakon obnavljanja nezavisnosti, postala 18. članica CEI  1. avgusta 2006. godine.

Specifičnosti CEI, kao mehanizma regionalne saradnje, se ogledaju u sljedećem: inicijativa je uspostavljena kao prvo tijelo regionalne saradnje nakon okončanja Hladnog rata; operativnosti CEI na političkom, ali i nivou projekata; značajnom stepenu regionalnog vlasništva i primjeni pristupa vođenog odozdo u realizaciji konkretnih aktivnosti CEI.